釋疏大分為（二）初解疏題目（二）初所述疏目（二）初所釋經題（二）初釋總題（大方）二明品目（普賢）二能釋疏目（別行）二能述人名（勅太）後正釋疏文（四）一總標名意（四）初通敘法界為佛法大宗（三）一約法以明（二）初總標體性（大哉）二別明體相（三）初明為諸法本（萬法）二明包徧離情（包空）三明妙用自在（妙有）二約人以顯（二）初約佛顯（三）一智德（我佛）二斷德（廓淨）三恩德（寂寥）二約王顯（我）三法喻結歎（是知）二別歎此經以申旨趣（三）初標歎（大方）二釋歎（六）一本源深妙（三）一標指其源（指其）二正明深妙（六）一融情智（情塵）二融真妄（妄惑）三顯離謗可入（四句）四泯真俗一多（冥二）五融拂事理（事理）六融攝事相（以性）三喻結難思（若秦）二成益頓超（二）一時處超（故得）二因果超（諸佛）三詮旨圓融（一字）四說儀深奧（五）一明至定（語其）二明妙智（海湛）三明真身（星羅）四明說本（圓音）五明修證（萬行）五約器明非器不測（雖四）六指例顯當機益深（四）一約人以顯益（當其）二約法以顯益（遇三）三始末交徹以顯益（二）初始終（契文）二本末（入普）四得失相對以顯益（失其）三結歎（三）初四德名歎（杳矣）二六德義結（實乃）三形外義結（豈唯）三教起由致慶遇希奇（二）一明昔翻未具（然玄）二明今譯多具（三）初明聖朝德廣為譯之緣（我皇）二明外國献本是譯之因（東風）三正明詔命譯讚之相（三）一聖主埀詔（特回）二慶承詔命（澄觀）三譯讚之相（抃闡）四略釋總題令知綱要（三）一標名（大方）二釋名（極虗）三結歎（總斯）二歸敬請加○三開章釋文○四慶讚迴向○
○二歸敬請加（二）初三句歸敬（二）一能歸三業（稽首）二所歸三寶（真法）二一句請加（顯得）
○三開章釋文（二）初標列章門（將釋）二依章解釋（五）初教起因緣（三）初總標大意（三）一略標（今初）二返顯（無言）三順結（故聖）二別釋十門（二）初標列（因緣）二牒釋（十）一法爾常現（今初）二詶昔行願（二酬）三遂通物感（三遂）四明示真門（四明）五開物性源（五開）六宣說勝行（六宣）七令知次位（七令）八顯果難思（八顯）九示其終歸（九示）十廣利今後（十廣）三總結指廣（略此）二辨教宗旨（三）一總辨諸教（第二）二通難舉益（雖無）三別明此經（三）初指其所宗（今此）二釋其義理（二）初略配（法界）後廣釋（二）初開章（今釋）後牒釋（三）初明所入（二）初標牒（今初）後正釋（二）初總指一真法界（三）初標指辨相（統唯）二指其法體（總該）三顯體離過（三）初明體相離過（體絕）二顯分限難籌（莫尋）三彰迷悟損益（迷之）二別開三重法界（二）初結前生後（諸佛）二融而開釋（二）先開章（而理）後牒釋（三）一釋事法界（第一）二釋理法界（二）初標指辨相（第二）二分門解釋（二）一性淨門（二）初標門略釋（一性）二通難釋成（雖徧）二離垢門三釋無障礙法界（二）初分門（第三）二解釋（三）一相即無礙門（今初）二形奪無寄門（二形）三雙融俱離門（二）初總牒（三雙）後開釋（三）初開（曲有）二釋（二）初前七門明理事無礙（六）一初二門出理事相（二）一事壞即理（一由）二理泯即事（二由）二第三門明理時不失事（三由）三第四門明事時不失理（四由）四第五門融（初二）明理事俱絕（五由）五第六門融（三四）明理事雙存（六由）六第七門融（五六）明理事無礙（七由）二後三門明事事無礙（三）一第八（躡前）明諸法各攝無盡（八由）二第九（躡前諸法明因）果攝法無盡（九由）三第十（躡前）因果明重重無盡（十因）三融結（以其）二明能入（二）一總標行願能入（第二）二別說身心能入（二）初略指身心（若別）二廣釋心入（二）初正列釋（二）初標列（身由）二解釋（謂於）二總結成（解行）三能所契合（三）初釋入字得名（第三）二雙指因果（略有）三寄說因門（二）初明入理法界（三）初標舉開章（今且）二隨門牒釋（五）一明能所歷然（第一）二明能所無二（第二）三明能所俱泯（第三）四明存泯無礙（第四）五明舉一全收（第五）三結前五門（上但）二明入無障礙法界（若以）三翻譯傳授○四釋經名題○五隨文解釋○
○三翻譯傳授（二）先標章（第三）後解釋（二）初徵源（二）一正指其源（今初）二以略含廣（三）初引西域相傳（故西）二詳理印定（今以）三釋其所以（一經）後翻譯（三）初總標三譯（二）初總標（第二）二別列（三）一明晉本（初即）二興善本（第二）三貞元本（第三）次會通今昔（五）初明昔謂非經（而上）二以今證昔是經（今乃）三辨昔疑所以（良以）四明昔文含隱（又前）五今文顯備結定無疑（今有）後別明今經（二）初明翻譯一品具諸勝緣（四）一正明翻譯（即貞）二會通新舊（即舊）三明梵本來處（其經）四正名勝緣（三）初得梵本之希奇（二）初彰昔劣（然自）二明今勝（二）初明彼帝心誠（未有）後明我皇德感（若非）次辨翻譯之緣備（三）初標（然夫）二列（十）一明時清（要在）二明處勝（大國）三明君聖（明王）四顯臣賢（輔佐）五彰器感（人多）六明聖應（方有）七明內護（不憚）八明外護（明賢）九結內外（內外）十示隱顯（潛顯）三結流通（方今）後校量今昔之具闕（緬想）後明別行一卷樞要可寶（三）初標經屬當（今此）二讚重勸修（而為）三應請別行（三藏）
○四釋經名題（二）初標章科判（第四）二依科正釋（二）初敘題意（總題）二正釋題（經二）初釋總題（大方疏二）初分門（總名）二正釋（四）一總顯得名（今初）二對辨開合（第二）三具彰義類（二）初總標（第二）二別釋（七）一大字義（一釋）二方字義（二釋）三廣字義（三釋）四佛字義（四釋）五華字義（五釋）六嚴字義（六釋）七經字義（七釋）四展卷難思（二）初標（第四）二釋（四）一展（五）一展真界至理智（謂本）二展理智至總題（次理）三展總題至一卷（次展）四展一卷至一部（若更）五展一部至無盡（乃至）二卷（五）初卷無盡至一部（收無）二卷一部至一卷（復攝）三卷一卷至總題（復攝）四卷總題至理智（更攝）五卷理智歸真界（融此）三展卷無礙（舒則）四結歸名題（若展）後釋品目（入不疏二）初正解品目（二）初分品開章（第二）二隨章牒釋（三）初釋所入（三）一總標（第一）二正釋（四）初顯得不思議名（何名）二指不思議體（三）初直指（何法）二解釋（二）一釋解脫（解脫）二釋境界（境界）三結成（即於）三釋不思議由（何故）四辨不思議意（何用）三通結（已知）二釋能入（三）初總指行願（第二）二喻明行願之要（行之）三約人法釋普賢（二）初總指（然人）二別釋（二）初約人以顯（若約）二約法以顯（二）一通釋普賢（若約）二別釋十普（若別）三釋入字（第三）二品攝經圓（二）一引例明備成一經（然此）二釋不題次第所以（又於）
四釋經名題竟
○五隨文解釋（二）初標牒章門（第五）後正釋文（三）初會通前後（此經）二科判此品（今經）三依科正釋（經三）初序文（爾時疏二）初牒指經文（稱）二釋前後意（二）一明前劣（以前）二彰今勝（今明）次正宗分（疏二）初標指敘意（第二）二依科釋文（二）初正陳所說（二）初明長行（三）初正示普因分（四）初標示所應（若欲疏二）初指經文（今初）二釋行願（希欲）二徵數列名（何等疏三）一總釋（第二）二別釋（諸經）三明今具（今文）三牒名徵釋（二）初總徵（善財）二別釋（疏二）初通科判（後普）二正釋經（經十）一禮敬諸佛（三）一牒名（普賢疏三）初釋名意（且第）二顯差別（勒那）三會今文（文中）二釋相（三）初所禮境（所有）二能禮因（我以）三能禮相（二）初總明（悉以）二別顯（一一）三結無盡（二）初總顯無盡（疏二）一會前科判（三虗）二正釋經文（經二）初別明虗空（二）初反顯（虗空）二順釋（以虗）二總例餘三（如是）二別彰無間（念念）二稱讚如來（三）一標名（復次）二釋相（三）一所讚境（所有）二能讚因（我當）三能讚相（各以）三結無盡（如是）三廣修供養（三）一標名（復次）二釋相（二）初正明供行（四）一明所供境（所有）二辨能供因（我以）三列所供具（悉以）四正明供養（以如）二校量顯勝（二）初正校量（二）初舉所校量（二）先總（善男）後別（所謂）二正明能校量（善男疏二）初釋善（二）初敘先譯差錯（二）初標譯之意（准先）二立理覈破（四）一指餘文以明（然法）二正斥其失（但先）三借淨名對辨（何者）四覈此文無端（今先）二伸詳審文理（五）初按定本文（下偈）二引梵本證（三）一標舉梵文（故梵）二釋上梵文（此中）三彰勝劣所以（以未）三重釋前二勝供（又法）四雙引二經明法施差別（二）初引法華（故法）二引淨名（淨名）五重釋前意以理結成（是則）二銷文（言迦）二徵釋所以（何以疏二）初釋徵（後何）二釋釋（釋意）三結無盡（此廣疏二）一標指經文（三此）二重成前義（若此）四懺除業障○五隨喜功德○六請轉法輪○七請佛住世○八常隨佛學○九恒順眾生○十普皆迴向○四結益令知○二顯經勝德分○三結勸受持分○二彰偈頌○後結說讚善○後流通分○
○四懺除業障（三）次標名（復次疏二）一翻對釋名（第四）二明意及益（除惡）二釋相（疏二）初敘義（疏三）一明作法事懺（二菩）二明起行事理雙懺（三）一雙標事理（若犯）二廣釋事理（三）一引佛名方等釋事懺（事如）二引淨名釋理懺（理如）三引二經雙明二懺（二）一雙標二經具二懺（普賢）二各別引文以證成（二）一普賢觀經（觀經）二隨好品（隨好）三雙結事理（事懺）三廣明逆順用心懺（三）一總標（若具）二別釋（二）一明所治順生死十心（三）一標（謂先）二釋（十）一妄計人我二內具煩惱三滅善心事四縱恣三業五惡心徧布六惡心相續七覆諱過失八虜扈抵突九無慚無愧十撥無因果三結（從無）二明能治逆生死十心（三）一標（次起）二釋（十）一明信因果二自愧剋責三怖畏惡道四不覆瑕玼五斷相續心六發菩提心七修功補過八守護正法九念十方佛十觀罪性空三結（若具）三料揀（隨好）後釋文（二）初科分（文分）二隨釋（經二）初舉所懺（菩薩疏二）一正明造業（今初）二辨其廣多（無量）後辨懺相（我今疏二）一標懺業具（後我）二明所對境（徧於）三結無盡（如是）
○五隨喜功德（三）一標名（復次疏二）初釋名義（第五）二明次第（二）初敘別意（然餘）二明此意（今明）二釋相（疏四）初敘意（二所）二科經（一喜）三顯經次第（佛為）四引文校量（二）初引二經比校（大品）二據今經彰勝（此隨）三結無盡（如是）
○六請轉法輪（三）初牒名（復次）二釋相（二）初舉所請境（所有）二正明請法（而我）三結無盡（如是）
○七請佛住世（三）初標名（復次）二釋相（所有）三結無盡（如是）
○八常隨佛學（疏二）初顯文通別（二）先釋通意（第八）後釋別意（若別）二正釋經文（三）一標名（復次）二釋相（二）初學本師（二）一明所學（二）初明因行（如此）二明果行（乃至）二辨能學（如是）後例餘佛（如今）三結無盡（如是）
○九恒順眾生（三）初標名（復次）二釋相（二）初正明（二）初舉所順生（謂盡）二正明隨順（如是）後徵釋（二）初令佛喜（二）初徵（何以）二釋（菩薩）後增大悲（二）初徵（何以）二釋（疏二）初敘釋意（後釋）二解釋文（經三）一法說（諸佛）二喻明（譬如）三法合（四）一正合（生死）二重徵釋（何以）三結成（是故）四結示（善男）三結無盡（菩薩）
○十普皆迴向（三）一標名（復次）二釋相（二）初明所迴善根（從初）二正明迴向（疏二）初敘意（二）初配三迴向（後皆）後出三所以（三）一具悲智離相（所以）二顯互相資成（又此）三別開十類（三）初標列（更以）二略釋（言三）三例餘（餘九）二釋經（二）初願離苦成善（皆悉）二明發心代苦（苦諸疏四）一徵（後若）二釋（略有）三料揀（上七）四釋妨（然約）三結無盡（菩薩）
○四結益令知（善男）
○第二顯經勝德分（二）一校量聞德（若有）二顯餘行德（二）初總明法行略說功德（或復疏三）一總明法行（言法）二別顯今經（今但）三略說功德後偏舉一行廣顯眾德（二）先舉一行（是故）後辨多德（三）初通明五果（五）一明增上果（行於）二明等流果（此善）三明異熟果（若生）四明士用果（悉能）五明離繫果（悉能）二別明淨土果（二）初顯法功能（又復）二別明勝果（二）初正明化生（到已）後利生大用（得授）三究竟成佛果（不久疏二）初結會三報（然前）二舉益勸修（唯誦）
○第三結勸受持分（三）初結前勝德（善男）二正明勸持（是故）三重舉勝德（是諸）
○第二彰偈頌文（二）初標說主（爾時）二明說偈（三）初五十二偈頌正示普因分（二）初五十一偈別頌十門（八）初二偈頌禮敬諸佛（所有）二二偈頌稱讚如來（於一）三三偈頌廣修供養（以諸）四一偈頌懺悔業障（我昔）五一偈頌隨喜功德（十方）六一偈頌請轉法輪（十方）七一偈頌請佛住世（諸佛）八四十偈頌後三門（疏二）初科判文意（八所）二正釋偈文（二）初三十六偈合頌三門（三）初一偈總標𢌞向（所有）次三十四偈別頌三門（疏二）初敘文（二三）後釋偈（三）初二偈頌常隨佛學（我隨）次二偈頌恒順眾生（所有疏二）一標舉（二有）二釋意（二）初通難（二）先釋通（以順）後印證（故晉）二結意（明知）後三十普皆𢌞向（疏二）初標舉（三我）後敘釋（四）初會通長行（此下）二會通初地（文有）三依經科文（今次）四正釋偈文（二）初二十二偈別發大願（十）一受持願（我為疏二）先標舉（第一）後配釋（二）一標舉地經（故十）二以文對屬（二）先明前偈（今文）後明後偈（後偈）二修行二利願（勤修疏三）先明總句（二有）二釋別句（餘句）三能所結成（上之）三成熟眾生願（悉除疏二）初標舉（三悉）後配釋（第五）四不離願（所有疏二）初標舉總釋（四有）二總別配釋（二）初明總句（初句）後明別句（二）初明自分行（餘句）二明勝進行（後一）五供養願（常願疏二）初標經釋名（五願）後總別釋文（第三）六利益願（我於疏二）初標經釋名（六有）二隨文配釋（二）初釋前偈（前偈）後明後偈（後偈）七轉法輪願（普盡疏二）初標經釋名（七普）二隨文配釋（文中）八淨土願（我能疏二）先標經釋名（二）初正釋名（八有）二會具闕（略無）後隨文配釋（七）一同體淨（初偈）二自在淨（二有）三因淨（三亦）四果淨（第八）五受用淨（五解）六住處淨（六梵）七相淨（七者）九承事願（於一疏二）先標經釋名（九於）後隨文配釋（二）初分總別句（第八）二唯明別句（四）一明承事處（初之）二明承事佛（第五）三明承事時（六七）四地經存闕（地經）十成正覺願（速疾疏二）初標經釋名（十有）後隨文配釋（二）先標舉分文（文有）後依次解釋（二）先明業用（二）初料簡（前中）後解釋（七）一明自在業（一初）二示正覺業（二一）三說實諦業（三次）四證教化業（四以）五種種說法業（五一）六不斷佛種業（六一）七法輪復住業（七一）後結因成果（後三）後有八偈總結大願○後有一偈結歸𢌞向○後有四偈頌願生淨土○後一偈總頌十門○次七偈頌顯經勝德分○後三偈頌結勸受持分○
○後有八偈總結大願（二）一科分（第二）二配釋（二）先有三偈總結十願（普能疏二）先結前九願（前中）後結正覺願（後偈）後有五偈結歸二聖（疏二）初敘意科判（二一）後正釋文（二）初二偈偏同普賢（一切疏三）一明同所以（今初）二釋長子（二）一依義解（言長）二表法解（若表）三再廣同義（但云）後三偈雙齊二聖（我為疏三）一解行釋（後三）二理智釋（又表）三行願結（行願）
○後有一偈結歸𢌞向（三世）
○後有四偈頌願生淨土（願成疏二）一標舉（第二）二會釋（四）初會長行（全同）次會興善（然准）三就今經（今且）四明轉生意（不生）
○後一偈總頌十門（乃至）
○次七偈頌顯經勝德分（二）初二偈頌校量聞益（十方）後五偈頌通顯諸行益（疏二）初標文對會（後）二分文解釋（二）先四頌通顯五果（即）後一頌究竟果（速）
○後三偈頌結觀受持分（若人）
△第二章偈頌文竟
○後結說讚善（爾時）
○第三流通分（二）先指所說法（爾時疏二）一標舉（大文）二會通（二）一約當會（一此）二通九會（二徧）後時眾受持分（二）初列能持眾（三）一列菩薩（文殊）二列聲聞（大智）三列雜類（并諸）
○四慶讚𢌞向（二）先偈慶讚（我）後偈𢌞向（願）