楊枝淨水，遍洒三千。性空八德利人天。福慧廣增延。滅罪除愆，火燄化紅蓮。
南無清涼地菩薩摩訶薩（三稱）。
南無聖觀自在菩薩（三稱）， （眾持大悲等呪心經畢，舉） 摩訶般若波羅蜜多（云云）。
唵捺摩巴葛瓦帝阿巴囉密沓阿優哩阿納蘇必你實執沓牒左囉宰也怛塔哿達也阿囉訶帝三藥三不達也怛你也塔唵薩哩巴桑斯葛哩叭哩述沓達囉馬帝哿哿捺桑馬兀哿帝莎巴瓦比述帝馬喝捺也叭哩瓦哩莎喝
願將以此勝功德，祝贊皇帝萬萬歲。聖明君，諸國來朝會，南無無量壽，祝讚皇帝萬萬歲。（再云）
以此經呪功德，回向護法龍天。
三界岳瀆靈聰，守護道場真宰，
祈福保安平善，莊嚴無上菩提。
普願法界眾生，共入毗盧性海。
爐香乍爇，法界蒙熏。藥師海會悉遙聞，隨處結祥雲。誠意方殷，諸佛現全身。
香雲葢菩薩摩訶薩（三稱 跪誦藥師經一卷）。
普賢王菩薩，象駕光臨。
有一菩薩，結跏趺坐，名曰普賢。
身白玉色，五十種光，光五十種色。
以為項光。身諸毛孔，流出金光，
其金光端，無量化佛，諸化菩薩，
以為眷屬。安庠徐步，雨大寶華，
至行者前，其象開口，於象牙上，
諸池玉女，鼓樂絃歌，其聲微妙，
讚歎大乘，一實之道。行者見已，
歡喜敬禮。復更讀誦，甚深經典，
徧禮十方，無量諸佛。禮多寶佛塔。
及釋迦牟尼，并禮普賢，諸大菩薩。
發是誓願：若我宿福，應見普賢，
願尊者徧吉示我色身。
普賢王菩薩摩訶薩，（三聲）。
一切恭敬。
一心頂禮十方法界常住佛
一心頂禮十方法界常住法
一心頂禮十方法界常住僧
是諸眾等各各胡跪，嚴持香華如法供養。
願此香華遍十方，以為微妙光明臺，
諸天音樂天寶香，諸天肴饍天寶衣，
不可思議妙法塵，一一塵出一切塵，
一一塵出一切法，旋轉無礙互莊嚴，
遍至十方三寶前，十方法界三寶前，
皆有我身脩供養，一一皆悉徧法界。
彼彼無雜無障礙，盡未來際作佛事。
普熏法界諸眾生，蒙熏皆發菩提心。
同入無生證佛智。
願此香華雲，遍滿十方界，供養一切佛。
尊法諸菩薩，緣覺聲聞眾，及一切天僊，
以起光明臺，過於無邊界，無邊佛土中。
受用作佛事，普熏諸眾生，皆發菩提心。
容顏甚奇妙，光明照十方。我適曾供養，
今復還親覲，聖主天中王，迦陵頻伽聲，
哀愍眾生者，我等今敬禮。
南無寶曇華菩薩摩訶薩（三稱）。
藥師如來（云）證明禮懺（述和 主白，白云）。
妄念成生滅，真如不變遷，總持難思議。
無住對空宣。
仰白十方三寶，藥師如來，剎海天龍，一切聖眾。願賜慈悲，俯垂證鑒。有疏披宣，伏希諦聽。
（表白宣意畢）。
上來情旨，恭對披宣。大圓鏡中，諒垂印可。是以脩香華供養，燈燭莊嚴。命我等流，代行懺法。今則依仗如來大寂滅海，歸投普門大悲願王。蕩罪業於無何有之鄉，剪芥蒂於不萌枝之地。心純是法，與法相應。理事圓融，行願成就。我既如是，佛必哀憐。祈叩洪慈，冥熏加被。
佛面猶如淨滿月，亦如千日放光明，
圓光普照於十方，喜捨慈悲皆具足。
啟運藥師道場懺法
今當歸命三世諸佛
南無過去毗婆尸佛
南無尸棄佛
南無毗舍浮佛
南無拘留孫佛
南無拘那含牟尼佛
南無迦葉佛
南無本師釋迦牟尼佛
南無當來彌勒尊佛
南無藥師琉璃光如來
南無藥師海會佛菩薩（三稱）
無上甚深微妙法，百千萬劫難遭遇，
我今見聞得受持，願解如來懺法義。
一切諸佛，愍念眾生，為說藥師道場懺法。良以眾生垢重，無明暗覆，不諳因果，不勤懺悔，縱貪嗔癡，肆殺盜婬，無量無邊，所作罪垢，無量無邊，所結冤業，不覺不知，日深日厚，以致促長壽而夭枉，黜官位而下賤，削富饒而貧窮，折子女而孤獨，罹斯九橫，墜墮三塗，紛紛苦果，自作自受，種種惡報，或現或後，纖毫無差，遲速必報。爾時。
藥師琉璃光如來，慈悲拯濟，說是本願功德經。令讀誦者，造彼如來形像七軀。一一像前，各置七燈。一一燈量，大如車輪。燃至四十九日，光明不絕。是惟剎利居士大家，多饒財寶，倉庫盈溢之所堪為。而緜力眾生，心雖喜樂，不能如法莊嚴。以是因緣，即於本願功德經中，譯出消災延壽懺法。便諸眾生，齋戒沐浴。或於寺院，或在家庭，或延禪侶，或偕善士，洒掃熏修，香華燈燭，隨分供養，依科讚詠，虔誠敬禮。則無求不應，無願不成。經云：說悔先罪，淨名所尚。改往修來，洗浣身心。斷除眾惡，誓不更造。多劫罪愆，淨盡無餘。隨所樂求，悉令滿足。（某等）志心頂禮，求哀懺悔。
南無毗盧遮那佛
南無本師釋迦牟尼佛
南無藥師琉璃光如來
南無無量壽佛
南無盡十方遍法界過去一切諸佛
南無盡十方遍法界現在一切諸佛
南無盡十方遍法界未來一切諸佛
南無藥師琉璃光如來本願功德經
南無日光遍照菩薩
南無月光遍照菩薩
南無文殊師利菩薩
南無觀世音菩薩
南無得大勢菩薩
南無無盡意菩薩
南無寶曇華菩薩
南無藥王菩薩
南無藥上菩薩
南無彌勒菩薩
南無消灾障菩薩
南無增福壽菩薩
南無樂音樹下三萬六千菩薩
南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
南無救脫菩薩
禮諸佛已，次復懺悔。緣念像法轉時，若諸有情，為欲利益安樂，拔除一切業鄣，建立殊勝功德者；為欲滿修諸佛大願，具足受持諸佛名號，及正法寶藏者；欲得阿耨多羅三藐三菩提，三十二相、八十隨形莊嚴其身者；欲得無量智慧方便，令諸眾生安立大乘者；為欲修行梵行，得不缺戒，具三聚戒，究竟清淨，無有毀犯者；欲得諸根完具，無諸疾苦，家屬資具，悉皆豐足者；欲得破魔罥網，解脫一切外道纏縛，拔種種惡見稠林者；若有女人，欲轉女成男，具丈夫相者；為欲求男女而得男女，求長壽而得長壽者；或當王法所加，欲解脫一切憂苦者；欲得上妙飲食，飽足法味，及種種上妙衣服，一切寶莊嚴具者；欲行惠施，一切所有，悉無貪惜，施來求者；欲得正見精進，善調意樂，多聞聰利，解甚深義，恒求勝法，常遇善友者；欲受持學處，願生西方極樂世界，無量壽佛所，聽聞正法者；若有已毀之戒，而欲還清淨，已盡之命，而欲復救續，乃至國界人眾，種種諸橫，種種諸難，而欲消伏隱沒，順時歡樂者，應當如法莊嚴歸命。
藥師琉璃光如來，一心精進修三摩地。所以者何？彼如來行菩薩道時，所發十二微妙上願殊勝功德，令諸聞者業障消除，一切所求皆得滿願故。是唯一生所繫菩薩，為能如實信解、如說修行，應當以身命財不生恡惜，竭力莊嚴必獲果遂。是故今日與現前（眾等），各各志心歸命頂禮。
南無毗盧遮那佛
南無本師釋迦牟尼佛
南無藥師琉璃光如來
南無無量壽佛
南無盡十方徧法界過去一切諸佛
南無盡十方徧法界現在一切諸佛
南無盡十方徧法界未來一切諸佛
南無藥師琉璃光如來本願功德經
南無日光遍照菩薩
南無月光遍照菩薩
南無文殊師利菩薩
南無觀世音菩薩
南無得大勢菩薩
南無無盡意菩薩
南無寶曇華菩薩
南無藥王菩薩
南無藥上菩薩
南無彌勒菩薩
南無消灾障菩薩
南無增福壽菩薩
南無樂音樹下三萬六千菩薩
南無阿難尊者八千比丘諸大聖僧
南無救脫菩薩
禮諸佛已，志心歸命。惟願諸佛菩薩，同運慈悲，降臨道場。一切天龍八部、藥叉諸將，悉生哀愍，來到道場。是諸聖眾，願悉證明。我於今日，欲為十方一切六道眾生，修行無上菩提，斷除一切業障，同入如來本大願海，普現色身。於一念中，供養一切十方三寶；於一念中，普度一切六道眾生，令入平等大慧。故於今日，一心精進，如說修行。惟願諸佛菩薩。
藥師如來本願力故，受我懺悔，令我所行決定破除罪障，行願圓成，如經所說，願悉證明。南無藥師琉璃光如來、應、正等覺，明行圓滿，光明廣大，功德巍巍，身善安住，𦦨網莊嚴過於日月，幽冥眾生悉蒙開曉，隨所樂求一切皆遂，所有病苦悉皆消滅，無量菩薩行、無量善巧方便、無量廣大願，我若一劫、若一劫餘而廣說者，劫可速盡，彼佛行願、善巧方便無有盡也。是故志心歸命頂禮。
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藥師如來，世界琉璃。慈悲喜捨悉隨宜。懺法度羣迷。稽首歸依，所願滿求祈。
藥師佛
藥師佛
消灾延壽藥師佛
南無消灾延壽藥師佛
（遶壇起佛偈，念佛，𢌞向）。
稽首東方滿月界，微妙正覺藥師尊。
三祇果滿不思議，十號名稱無等倫，
二六願門因地發，百千相好果中圓。
慈悲海闊測難量，功德山高讚莫盡。
南無東方淨琉璃世界藥師琉璃光如來
南無消灾延壽藥師佛
（或百聲千聲，隨意𢌞向。）