大分為三一題目（大佛）二譯人（三）一主譯人（天竺）二譯音人（烏長）三潤文人（菩薩）三經文（三）一序分（三）一六種證信序（三）一標信與聞（如是）二時主及處（一時）三廣列聽眾（二）一兼本迹以詳列二眾（四）一據迹標數（與大）二彰本歎德（二）一總名似同（皆是）二別德逈異（二）一德體超異（佛子）二德用超異（二）一上助佛化（從佛）二下度眾生（三）一盡本界（嚴淨）二盡十方（應身）三盡未來（拔濟）三略舉上首（其名）四更盡勝劣（復有）二兼時會以略顯二眾（二）一標自恣顯有菩薩（二）一時會先在眾（三）一時會誠求（屬諸）二如來妙應（即時）三會眾蒙益（法筵）二音感後至眾（迦陵）二標齋供顯有天人（二）一國王齋供（時波）二臣民齋供（城中）二示墮發起序（三）一誤墮因緣（四）一別請遠游（惟有）二無侶獨歸（既無）三無供循乞（其日）四欲行等慈（二）一正行等慈（心中）二表等慈由（阿難）二正墮婬室（三）一加意嚴戒（經彼）二力不勝邪（爾時）三戒體垂危（婬躬）三如來救脫（三）一速歸眾隨（如來）二說呪遣救（于時）三破邪救歸（惡呪）二正宗分○三流通分○
△一序分已竟
○第二正宗分分（二）一經中具示妙定始終（三）一阿難哀求（二）一哀求妙定（阿難）二大眾欣聞（於時）二如來委示（二）一正說經（三）一說奢摩他令悟妙心本具圓定（二）一初銷倒想說空如來藏（二）一如來破妄顯真（二）一斥破所執妄心以開奢摩他路（三）一取心判決（二）一但取能發之心（佛告）二普判眾生誤認（佛言）二正與斥破（二）一如來備破三迷（三）一密示妄識無處（二）一按定徵處二一按定（二）一問定（二）一教以直心應徵（汝今）二雙徵能見能愛（阿難）二答定（阿難）二徵處（佛告）二隨執隨破（七）一破在內（二）一阿難引十生同計在內（阿難）二如來以不見身中為破（三）一喻定次第（三）一定境內外（佛告）二定見次第（阿難）三遠見之由（阿難）二出定總名（爾時）三正與決破（三）一按定所答（佛告）二反難失次（二）一如來即喻反難（亦有）二阿難於喻知謬（阿難）三就謬難破（三）一先與合定（阿難）二詳申其謬（二）一在內不見謬（二）一正難當見（汝之）二以淺況深（縱不）二昧內知外謬（必不）三遂與決破（是故）二破在外（二）一阿難引燈在室外為喻（三）一轉成謬悟（阿難）二徵引燈喻（所以）三自決同佛（是義）二如來以身心相知為破（二）一先以喻明（二）一如來喻明外不相干（佛告）二阿難於喻了知不迷（阿難）二正與決破（三）一合喻無干（佛告）二驗非無干（我今）三遂與結破（是故）三破根裏（二）一阿難以瑠璃合眼為喻（四）一悟前轉記（阿難）二承徵指處（佛言）三引喻瑠璃（猶如）四脫前二謬（然我）二如來以法喻不齊為破（二）一正破（二）一正辨不齊（三）一先以按定法喻（佛告）二喻中實見瑠璃（彼人）三法中不能見眼（佛告）二雙開兩破（若見）二結破（是故） △三破根裏竟四破內外（二）一阿難以見明暗分內外（三）一承前轉記（阿難）二正分內外（二）一先申藏暗竅明（是眾）二證成見外見內（今我）三請決於佛（是義）二如來以不成見內為破（二）一正破（二）一破所見之暗不成在內（二）一雙開對與不對（佛告）二雙破兩途皆非（二）一對眼之非（二）一正言不成內（若與）二反顯不成內（若成）二不對之非（若不）二破能見之眼不得返觀（二）一以合能而難開不能（若離）二雙破不見面與見面（二）一破不見面（若不）二破見面（四）一心眼在空過（見面）二他成己身過（若在）三身成不覺過（汝眼）四轉成兩人過（必汝）二結破（是故）五破合處○六破中間○七破無著○二顯呵妄識非心○三推破妄識無體○二會眾知非無辨○三結歸判詞○二顯示所違真性令見如來藏體○二阿難悟謝發心○二審除細惑說後二如來藏○二說三摩提令依妙心一門深入○三說禪那令住圓定歷位修證○二說經名○三阿難悟證○二經後別詳初心緊要○
△四破內外竟
○五破合處分（二）一阿難計心隨合隨有（三）一謬引昔教（阿難）二指體標處（我今）三總脫前過（亦非）二如來破其無從無定（二）一正破（三）一牒其所計以定有體（佛告）二約無從來以破隨合（二）一正審從來（若有）二因救轉辨（二）一阿難救見為眼（佛言）二如來辨眼無見（阿難）三約無定體以破隨有（二）一先開四相（阿難）二一一推破（四）一破一體（若一）二破多體（若多）三破徧體（若徧）四破不徧（若不）二結破（是故）
△五破合處竟
○六破中間分（二）一阿難計心在根塵之中（三）一阿難泛說中間（二）一謬引昔教（阿難）二檢前立中（如我）二如來確定中相（二）一雙徵兩在（佛言）二雙示不成（二）一在身不成（若在）二在處不成（若在）三阿難別出己見（二）一異佛現說（阿難）二同佛昔說（如世）二如來以兼二不兼為破（二）一正破（二）一雙開兩途（佛言）二雙示俱非（二）一兼二非中（若兼）二不兼更非（兼二）二結破（是故）
△六破中間竟
○七破無著分（二）一阿難以不著諸物為心（二）一引佛昔教（阿難）二釋成請決（一切）二如來約諸物有無為破（二）一正破（二）一雙徵有無（佛告）二雙示不成（二）一無尚不成（無則）二有豈能成（二）一標定（有不）二釋成（無相）二結破（是故）
△一密示妄識無處竟
○二顯呵妄識非心分（二）一阿難責躬請教（三）一責請之儀（爾時）二責請之辭（二）一自責不知心處（二）一責未證由恃憍憐（我是）二責墮淫由不知處（不能）二求佛別說真處（二）一正求說示（惟願）二兼除惡見（令諸）三懇求同眾（作是）二如來顯發非心（三）一表現破顯諸相（五）一表諸智將現（爾時）二表眾識將破（普佛）三表覆蔽將開（如是）四表分隔將合（佛之）五表流轉將息（其世）二普示真妄二本（二）一舉過出由（二）一法說（二）一歷舉眾過（三）一任運受淪人過（佛告）二權小修學人過（諸修）三凡夫修學人過（及成）二總出其由（皆由）二喻說（猶如）二徵釋名體（三）一徵起（云何）二正釋（二）一所執妄本名體（阿難）二所迷真本名體（二者）三結歸（由諸）三正斥妄識非心（三）一如來重徵直訶（三）一應求垂問（阿難）二徵令現前（三）一於見詳徵（三）一總徵於見（即時）二別徵所見（佛言）三別徵能見（佛言）二就答徵心（佛告）三舉心以答（阿難）三直呵非心（佛言）二阿難驚索名目（阿難）三如來指名出過（佛告）
△二顯呵妄識非心竟
○三推破妄識無體分（二）一阿難述怖求示（四）一述唯用此心（三）一出家用此心（阿難）二作善用此心（我心）三作惡用此心（縱令）二述捨此更無（若此）三述自他驚疑（云何）四求如來開示（唯垂）二如來安慰顯發（二）一安慰許有（三）一先標垂教深意（爾時）二示己常說惟心（於師）三舉況真心有體（阿難）二顯發虗偽（二）一托塵似有（二）二反難離塵當有（若汝）二正言不能離塵（二）一外緣不離（如汝）二內守不離（縱滅）二離塵實無（二）一暫縱離有即許為心（我非）二隨奪離無不得為心（三）一離無即是塵影（若分）二塵影即同斷滅（塵非）三斷滅誰成至道（則汝）
△一如來備破三迷竟
○二會眾知非無辨（即時）
△二正與斥破竟
○三結歸判詞（佛告）
△二斥破所執妄心以開奢摩他路已竟
○二顯示所遺真性令見如來藏體分（二）一阿難捨妄求真（三）一悲感陳言（阿難）二追述痛悔（二）一悔恃如來不修大定（自我）二悔恃多聞終無實得（今日）三表迷求示（世尊）二如來極顯真體（三）一放光表顯（四）一真智洞開相（即時）二圓照法界相（十方）三上齊佛界相（徧灌）四下等生界相（旋至）二普許開示（告阿）三說盡真際（三）一尅就根性直指真心（二）一帶妄示真（十）一指見是心（三）一雙舉法喻現前（二）一如來雙徵拳見（阿難）二阿難各答其由（阿難）二辨定眼見是心（三）一辨無眼有見顯其不假眼緣（三）一雙陳法喻令審（佛告）二阿難未覺不齊（阿難）三如來斥非詳示（四）一正斥其非（佛告）二明其不齊（何以）三令其詢驗（所以）四結申有見（以是）二辨矚暗成見顯其不假明緣（二）一阿難疑於覩暗非見（阿難）二如來例明暗見無虧（二）一雙詰二暗（佛告）二雙答是同（如是）三辨見乃是心顯其離緣獨立（二）一例明眼見之謬（二）一初例成謬（阿難）二轉成二謬（若燈）二結申心見正義（二）一取例非燈（是故）二轉例非眼（眼能）三未悟更希廣示（阿難）二顯見不動○三顯見不滅○四顯見不失○五顯見無還○六顯見不雜○七顯見無礙○八顯見不分○九顯見超情○十顯見離見○二剖妄出真○二會通四科即性常住○三圓彰七大即性周徧○
○二顯見不動分（二）一辨定客塵二字（三）一如來尋究原悟（爾時）二陳那詳答二義（三）一自陳得悟（時憍）二喻明客字（世尊）二喻明塵字（又如）三如來印許其說（佛言）二正以顯見不動（二）一對外境以顯不動（四）一辨定所見（即時）二辨定開合（佛告）三辨分動靜（佛言）四印許其言（佛言）二就內身以顯不動（四）一光引頭動（如來）二審問動由（佛告）三辨分動靜（阿難）四印許其言（佛言）三普責自取流轉（三）一取昔所悟客塵（於是）二令觀現前動靜（汝觀）三正以怪責妄淪（二）一怪其明知妄由身境（云何）二責其依舊從妄失真（二）一曲分三障（三）一惑（從始）二業（遺失）三苦（性心）二總結長淪（輪廻）
△二顯見不動竟