貞元三書，可為這一系成熟的思想，成功的著述，但不必是普遍最善的。以從別種學系上看，尚可有別種勝義。在這一系，便是孔、孟學曾攝取佛學成為宋儒理學的一派，今再攝取希臘到近代歐洲哲學成為新理學。所以、這三部書的總根，只在新理學一書內。新理學十章的第一是哲學的哲學；二至四是自然科學的哲學；五至十是社會科學的哲學，亦可云後二章是宗教哲學。
把程、朱的理，看成抽象的名理，乃從柏拉圖氏的「觀念論」——理型而來。理與氣二元並重，則亞里斯多德為近。然孔子之「天生德於予」，及孟子之「萬物皆備於我」等，孔孟之道，都以統一的「宇宙整體精神」為根極，並非以非氣之理，與非理之氣為二本的。由此，宋、明儒的陸、王心學派，反於孔、孟為較契，而朱被斥支離不是無因的。即朱亦說心具眾理而應萬事，惟心無對心之理是太極，物物一太極，毋寧說新理學第十章所謂聖人的心即宇宙的心。這種唯心論，反是孔孟的正宗。
三書直提及佛語處不多，有許多佛義已為儒、道通用的，儘在儒語、道語內取之，故必要借用及的幾句，亦但借用便了。然謂：
道家之聖人，及上章所說宗教所說中之聖人，不能有用於社會。凡人沒有能離開社會者，即令遁跡深山，自耕自食，亦不能說是離開社會。和尚之出家，亦只是出「家」，只是離開社會中之一種組織，而不是離開社會。如真無社會，則雖有山而不能入，有地亦不能耕，更亦無廟可住。道家及佛家之聖人，不能離開社會而又不能有用於社會；如人人俱如此，則即無社會，所以此是行不通亦說不通底。宋明道學家說二氏中人自私，正是就此點說。
這種批評，在人類的、或儒家的觀點上，似乎可如此說；但其實是不然的。因為佛、道、或他教，是有「法界眾生」、或「道」、或「神」之立場的，所以可「超人類」的；其尚處人間時，當然也與人群相利益，並非自私。及其已達「超人界」時，，則非限人類，或是更公更廣的。
照新理學的系統，可作成這樣一個圖：
┌─陽┬───────成 理─┐ │ │ ： │（宇宙） │ └───────盛 道 ├──物──┼─動物（心）──人──社會 ： │ │ ┌───────衰 氣─┘ │ │ └─陰┴───────毀
今要用佛法的系統，略為比較批判，合成另一圖：
┌真如─┬（超人）┌理（假理）─┐（宇宙） │ 法界┤ │道心──┤ └物──動物──人──社會│ └正智 │ └氣（實事） （色）（心） │ 出世…┼……世間 │ │ 科學──────────┤ │ 漢儒────────────┤ │ 新理學──────────────┤ │ 程朱─────────────────┤ │ 陸王───────────────────┤ │ 老莊─────────────────────┤ 佛法────┴────────────────────────┘
這是依佛法來衡量「新理學」及諸家學術之高下的，科學只齊色法的物為最低；漢儒齊氣與物間；而新理學及希臘柏、亞哲學等正齊理氣二元；程、朱又較高至理氣二元與道心的心之間；陸、王正齊道心之心，孔、孟之高度亦至於此；老、莊則高齊道心之道。道即混沌，亦即根本無明，故世間以老莊為最高。陸、王、老、莊皆已超人入天，過此則出世佛法矣。佛法通世出世間，世間法或共道儒、哲、科，出世法則不共。
道是無明緣行，道心是行緣識，理氣是識緣名色之名色；故程、朱正在識緣名色間。又道即有為諸行，有為諸行分假理——多數等分位——、實事——心色等法體——，即是理氣。以之演生萬有，如下圖：
┌─假理────┐ 有為諸行┤ ┌─色 ├物──生物──動物──人 └─實事┤ ┌─┘┌～～┘ │ └─心══╧──────┘
新理學似未知高于理學二元之道心，故不以程、朱「總理事的心」為然，由此更不信陸、王心學；而錯以老、莊的道是與理對立之氣，殊不知老、莊的道是理氣渾，沒有對立而又能為理氣對立之本，所以混沌而無明也。